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本坊 事相・教相の根本道場である大講堂や書院などがある。寛文七年(1667)徳川将軍のきしんで建立されたが、明治四十四年(1911)炎上。現在の堂宇は大正十三年(1924)に再建された。総檜造りの大殿堂で、平成二十四年三月三十日奈良県指定有形文化財に登録された。

陀羅尼堂（だらにどう） 長谷寺の塔頭寺院。正堂（興教大師堂）、礼堂（陀羅尼堂）を併せ菩提院と称する。毎月五日には専誉僧正回向、十二日には興教大師回向の法要を行っている。

五重塔 昭和二十九年、戦後日本に初めて建てられた五重塔で、「昭和の名塔」と呼ばれている。純和様式の整った形の塔で、塔身の丹色と相輪の金色、軽快な檜皮葺屋根の褐色は、背景とよく調和し、光彩を放っている。

本長谷寺（もとはせでら） 天武天皇の勅願により、道明上人がここに精舎を造営したことから、本長谷寺と呼ばれている。朱鳥元年(686)、道明上人は天武天皇の御病気平癒のため『銅板法華説相図（千仏多宝仏像）』を鋳造し、本尊としてお祀りされた。

弘法大師御影堂（こうぼうだいしみえどう） 祖 弘法大師1150年御遠忌を記念して、昭和五十九年(1984)総檜で建立された。大師の両側には、細密な版画『長谷寺銅版両界曼荼羅』が祀られている。毎月二十一日、弘法大師御影供の法要を行っている。※絵図に描かれております建物の位置に、現在は「弘法大師御影堂」が建っております。

開山堂（かいさんどう） 長谷寺開山、徳道上人を祀る。併せて西国三十三所各霊場の御本尊様をお祀りしている。毎月二日、徳道上人回向の法要を行っている。※絵図に描かれております建物の位置に、現在は「開山堂」が建っております。

大黒堂（結縁財宝の大黒天） 大和七福神八宝霊場の一所。大黒天はインドから密教とともに我が国に伝来し、神道の大国主命と習合した。この四尺五寸の尊像は弘法大師御作と伝わる。商売を繁盛させ、台所を守護し食物を満たし、財宝を人々に授けるご利益がある。

本堂 小初瀬山中腹の断崖絶壁に懸造り（舞台造）された南面の大殿堂である。正面（内陣）は桁行（間口）の柱間九間、梁面（奥行）同五間、入母屋造本瓦葺で、また礼堂（外陣）は正堂よりやや低く、桁行九間、梁面四間、正面入母屋造本瓦葺。

登廊（のぼりろう） 平安時代の長歴三年(1039)に春日大社の社司中臣信清がこの病気平癒の御礼に造ったもので、百八間、三九九段、上中下の三廊に分かれている。下・中廊は明治二十七年(1894)再建で、風雅な長谷寺型灯籠を吊るしている。

宗宝蔵（しゅうほうぞう） 長谷寺六坊の一つ、清浄院跡地に建つ。春と秋に開扉して長谷寺に伝わる国宝・重要文化財等の宝物公開を行っている。

長谷寺正面 総受付は参拝者の休憩所として使われ、山内の火事除けのため、「秋葉権現」をお祀りする。総受付の脇には、通称石観音様が祀られている。

仁王門 長谷寺の総門で、三間一戸入母屋造本瓦葺の桜門である。両脇には仁王像、楼上には釈迦三尊十六羅漢像を安置する。現在の建物は明治二十七年(1894)の再建。「長谷寺」額字は、後陽成天皇の御宸筆。